When the world's seven most advanced robots and their human allies are murdered one by one, Inspector Gesicht soon discovers that he's also in danger.

Joon is arrested for the murder of the top student at his prestigious school. When he is released, Joon holds students accusing him of the crime in a room and forces them to reveal their dark secrets.

第一集中，变异人在X教授的指挥下，将邪恶的万磁王打入冷宫，但是依然得不到社会的承认。在一次政治要人遭到暗杀后，所有的矛头又一次指向变异人。这一次，X教授也感到压力大增，以致于跟美国总统都要就此事进行磋商。一个拥有很高声誉的前将军，率领着反对变异人的联盟连续对x教授施压。万磁王在这种情况下，不得不寻找与X教授联手抵抗前将军的方式。金钢狼的身世也将在本集中进一步揭开。

罗根为了找回自己过去的记忆离开了X教授的学校，隐姓埋名前往艾卡里湖工业中心，另一边，人类议会正忙于重建在变种人大战中受到重创的自由女神像，万磁王则继续在X教授精心打造的塑料监狱中服刑。在这个世界的黑暗深处，新的阴谋正在悄悄临近......

Professor Charles Xavier and his team of genetically gifted superheroes face a rising tide of anti-mutant sentiment led by Col. William Stryker. Storm, Wolverine and Jean Grey must join their usual nemeses—Magneto and Mystique—to unhinge Stryker's scheme to exterminate all mutants.

和x档案系列一贯的作风相同，在映前剧情是绝对保密的，公布的预告片和剧照也只是惊鸿一瞥蜻蜓点水的一带而过，不惜以预告片的索然无味为代价而保守零剧透…

《A的文件》一个标题为乱码的文件夹，里面充满各种各样恐怖的图片。OL夏实在看了这个文件夹后遭遇了一系列匪夷所思的事情；《红外线传输》3个高中女孩按照神秘短信的指示，夜间来到学校用手机红外线向镜子里传递邮件，不久名叫枫的女孩便看到了另一个自己；《红色的房间》厕所的另一边有个红色房间，凡是进入这个房间的人永远无法离开；《约会手机》青年小治和初次见面的女孩由依约会，并帮助她找东西，却不知道对方来自另一个世界；《实况情况揭露版》两男两女夜间前往某废墟探险，他们边走边拍照，并实时上传网络，诡异事件接连发生……